明成祖朱棣将都城由南京迁往北京之后，南京便成为整个明朝的留都、陪都。

设置有和北京一样的完整中央级别行政系统，可以说享有极高的政治地位。

不过，由于作为统治者的皇帝不再驻跸于此，地处其间的明故宫虽然有少量留守人员，但却无可奈何地受到朝廷的冷落荒废，甚至遭到不同程度的破坏。

早在靖难之役中燕王军队攻进南京之时，明故宫内就燃起大火，这场大火在掩盖了建文帝的踪迹，使其下落成为历史悬案的同时，也让明故宫的奉先殿等建筑被烧毁。

而到了明成祖朱棣营建北京紫禁城时，有记载表示其曾“移宫殿巨材北上，以备营建”，将明故宫内的部分建材运往北京修建紫禁城。

在此之后，被冷落的明故宫又遭受多次自然灾害。

例如明正统十四年夏六月，“南京风雨雷电，谨身、奉天、华盖三殿灾”；

明英宗天顺七年春正月，“南京西安门木厂火，延烧皇墙”；

成化三年秋八月未“南京御用监火”，四年夏七月戊申“雷震南京午门楼”，二十年四月，“南京大风太树拔地而起，摧毁大殿及皇城各门兽吻”；

孝宗弘治元年秋十月庚寅，“南京花园内赵火，冬十一月甲子南京避雷坏洪洪门兽吻”，“四年夏五月丙子骤雨雷坏午门西城墙”；

世宗嘉靖元年，“秋十月，风雷雨，江溢，郊社陵寝宫阙城垣皆坏”；

熹宗天启五年“夏六月辛卯，南京大内宫火”……

此外，令人今天人们感到奇怪的是，明代还曾有过一些禁止修缮南京明故宫的规定，由于朝廷本身的故意任其遭受破坏，再加上如此频繁的灾害侵袭，南京明故宫在明代时就已经破败不堪。

以至于当李起义攻破北京，皇帝自缢后，陪都南京的官员拥立福王朱由崧即位建立南明弘光政权时，福王只得在明故宫的武英殿登基。

由于宫殿荒废，弘光皇帝即位后，对明故宫进行了营建工作，而这也成为弘光皇帝所谓“奢靡无度”的一条“实证”。

南京后来的实际地位大约相当于陪都，甚至比陪都地位更高，南京当时叫南直隶，连中央独有的六部中枢机构都另有一套。

别说是南京的老皇宫，就是普通的小小行宫，也有驻守的太监宫女等等。